一、加强会计基础管理
行政事业单位的财务管理应该按照内部控制建设的要求，着重抓预算管理、支出管理、资产管理、信息化建设等关键环节，不断提高财务管理水平。
行政事业单位管理层要积极了解内部控制的相关知识，并在行使职权时自觉接受内部控制体系的监督。
行政事业单位财务人员要高度重视内部控制体系建设，加强培训和宣传，提升全体员工的内部控制知识，营造良好的内部控制环境。
要建立健全预算管理制度，完善部门沟通协调工作机制，明确预算管理的流程和职责，优化公共资源配置，同时要加强预算监督和执行，强化预算的刚性约束力。
建立健全支出方面的财务制度，使所有经费都有具体的支出标准和管理办法，并严格执行。
加强资产管理，提高资产使用效率：对于低值易耗品等存货，财务部门要建立明细账，业务部门要建立实物台账，建立验收、保管、领用、盘点、清查制度，做到账实、账账相符。按照内部控制的要求，完善固定资产购置时的预算审批、招标采购、合同订立、验收、付款等业务环节，准确记录固定资产身份信息，建立资产台账；利用资产信息系统和资产标识等技术，建立资产清查盘点制度和固定资产报废制度；加强对固定资产使用效率的评估，提高资产使用效率。增强无形资产的管理意识，加强对专利权等无形资产的核算和保护，依法合理利用无形资产。
二、改变内部审计方法，充分发挥内部监督的功能和作用
为了进一步健全行政事业单位内部控制规范，实现内部控制程序化与常态化，行政事业单位内审部门要改变审计方法，从传统的以会计事项为基础的详细审计转化为内部控制审计，即在评审单位内部控制制度的基础上，抽查会计资料的内容、范围和程序，然后进行符合性测试和实质性测试。内部控制审计的内容主要包括被审计单位是否建立健全各项内控制度，是否合法，是否符合国家有关规定和单位的实际情况，并随着外部环境的变化、单位经济活动的调整而调整；不相容岗位是否相互分离、相互制约；保证会计资料的真实、完整的相关制度是否健全。其目的在于发现制度控制中的薄弱环节，促进行政事业单位内部控制科学合理、内部管理规范有效。
三、织密内部监督的制度网络
科学、合理的内部控制制度是行政事业单位内部控制制度和提高财务管理工作效率的关键保障。我国的财政部门制定的相关关于内部控制的规范制度并不能适应行政事业单位的内部控制体系的特点，这就直接导致行政事业单位的内部控制体系的建设没有一个有效的标准。
应加强关于行政事业单位内部控制的规章制度的完善，使行政事业单位内部控制的在制定时能够互相之间形成制约。
还要加强对行政事业单位内部控制体系的监督工作，提升国家财政资金的使用效率，提高资金安全性。
要建立行政事业单位内部控制建设的审批制度，对现行的行政事业单位内部控制审批流程要进行相应的休整和完善，结合行政事业单位的具体实际工作，完善行政事业单位的审批的制度建设。
还应该加强信息化建设，提高财务管理效率。
四、建立同外部监督要求相适应的对外信息披露制度
政府的立法、执法机关，社会中介的公正鉴证，行业协会的自律及社会舆论的监督，这些都是对行政事业单位内部控制的外部监督。外部监督群体的职权就是对国家财政资金的流向进行持续监督，并对其进行合理合规的审查，对相关部门和岗位的内部控制体系的实施情况进行监督检查。这些外部监督群体有责任和义务对违法违纪行为进行监督和调查，在事前、事中和事后的评价过程中都起到了积极的作用。行政事业单位要适应外部监督的要求，建立相关的信息披露制度，将本单位的经济数据按规定定期公示，接受外部监督群体的监督。
内部监督制度的实施要从内部控制制度的构建入手，根据相关的控制规范和实际情况制定内部控制的相关制度。明确内部控制的核心内容，构建单位内部控制体系的整体组织框架，才能为后续的内部控制制度的具体落实奠定坚定的组织基础。行政事业单位的监督机制需要多元化的分工协作。从立法角度来说，司法机关应引进对关键部门和岗位的法律法规；从政府角度来说，应明确监察和审计部门的职责和权限，定时核查相关的条文是否落实到位；从公众监督的角度来说，应明确公众监督在外部监督中发挥的作用，建立完善的信息公开平台，做好信息交流工作，提高监督信息的真实性和公开度，降低监督成本，提高监督效率，实现信息沟通的畅通。